Fue fundado el 14 de noviembre de 1951 como Municipal de Zacapa.

Sus creadores
Jorge Quinto, Carlos Luna, Rubén Pineda, Félix de la Rosa, Neco Quinto, Ismael Echeverría y Carlos Sosa.

Ganó su ascenso en 1959, y ese mismo año debutó en el campeonato 1959-60. Interviniendo en la Copa Guatemala de 1960.

Su primer encuentro fue como local y empató a dos goles con el Eureka.
Las dos primeras anotaciones fueron obra del salvadoreño Pira Vásquez y de Gil Abrego.

Ha jugado cinco épocas: 1959 a 1963; 1974 a 1978; 1984 a 1986; 1996 a 2003 y 2006 en adelante.

Sus mejores posiciones

Han sido cuando fue el primero de su grupo en 1961 y una quinta posición en 1976. Su goleador es el hondureño Nicolás López, quien en sólo tres torneos llegó a 34,en torneo Apertura 1999, Clausura 2000 y Apertura 2000-01. Botó el récord que traía Mynor "El Gualuco" Morales con 30.

Continúa la historia

En la temporada 1996-97, llegó a 12 juegos sin perder. De 1976 a 1978 tuvo una mala racha al haber jugado 15 encuentros sin ganar.

Hasta el momento ningún jugador ha logrado anotar 4 goles en un solo partido y los que hicieron 3 fueron Santín Gamboa, "Gualuco" Morales, Luis Pereira, Luis Heiman, Sergio Díaz y Rudy Ramírez.

Su mejor marcador fue de 6-1 ante Suchitepéquez en 1996 y en contra cuando cayó 6-1 frente al Xelajú MC.

Zacapa hizo gran debut en Liga Mayor 1959-60 con un buen equipo. Finalizó en el octavo puesto de los 15. Jugadores inscritos: Federico Aldana Sánchez, Jorge Rolando Aldana, Pedro Antonio Vásquez (Pira), Carlos Arturo Luna R., Ricardo Abel Luna R., Rodolfo Ordóñez Avila, Carlos Enrique Polanco, Oscar Roldán Paz, Orlando Archila, Víctor Hugo Chávez, Manuel Morales Díaz, José Roberto Berríos, José Gil Abrego, José Guillermo Santos, David Madrid, Eleuterio Cardozzo, Cosme Núñez Arriola, Mario Augusto Pineda España, Guillermo Acevedo Pérez, Pompilio Pérez Morales, Epifanio Castillo Arzú, Jorge Quinto Salguero, Santos Higinio Gamboa, Mario Aguilar Villegas, Godofredo Dueñas, Octavio Augusto Ordóñez Avila, Carlos Modesto Capasso, Osmán Aguilar Martínez, Rogelio Sett Oliva, Ernesto Mauricio Picot.